辅助生殖技术，特别是体外受精（IVF）为克服子宫内膜异位症相关性不孕不育提供了最有效和成功的方式。尽管，过去的研究表明IVF结局在子宫内膜异位症患者中不理想，近期更多报道也显示与对照相比没有差异。这种异常也许是IVF结局很差和重症女性的卵巢反应低下的证据，重特别是那些有严重的卵巢疾病或经受过卵巢手术患者。
在IVF之前，长效刺激方案抑制药物疗法，尤其是促性腺激素释放激素激动剂，似乎能提高子宫内膜异位症患者的成功率。然而，没有诊断标记分子去特异性的识别那些从此方法中受益的病人，尽管数据有限。
在IVF之前，经历过非卵巢外科手术患者的结局并没有得到改善，可能是由于严重的侵入性疾病切除异常。卵巢子宫内膜瘤的切除并没有益处，并且仅仅是一种妇科适应症。
确实，大量的证据表明此进程对卵巢保存和反应有害。缺乏适当的实验设计使明确的治疗模式面临挑战。
