子宫内膜异位症的表现因人和部位而不同，与月经周期密切相关，有25%患者无任何症状。
1.下腹痛和痛经
为主要症状，继发性痛经，进行性加重。也有27%～40%患者无此症状。
2.不孕
造成不孕率高达40%。原因复杂，有盆腔微环境改变影响精卵结合及运送、免疫功能异常破坏子宫内膜代谢和生理功能、卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。中重度患者可因卵巢、输卵管周围粘连而影响受精卵运输。
3.性交不适
多见于直肠子宫陷凹有病灶或局部粘连使子宫后倾固定者。性交时碰撞或子宫收缩上提而引起疼痛，一般表现为深部性交痛，月经来潮前性交痛最明显。
4.月经异常
15%～30%患者有经量增多、经期延长或月经淋漓不尽或经前点滴出血。可能与卵巢实质病变、无排卵、黄体功能不足或合并子宫腺肌症和子宫肌瘤有关。
5.其他特殊症状
（1）肠道内异症可出现腹痛、腹泻便秘或周期性少量便血，严重时肠梗阻症状；
（2）膀胱内异症常在经期出现尿痛和尿频，常被忽视；
（3）输尿管受侵引起狭窄、阻塞，出现腰痛和血尿，进而形成肾盂积水和继发性肾萎缩；
（4）手术瘢痕内异症常在剖宫产或会阴侧切术后数月至数年出现周期性瘢痕处疼痛和包块，并随时间延长而加剧。
除以上症状外，卵巢子宫内膜异位囊肿破裂时，可发生急腹痛。多发生于经期前后、性交后或其他腹压增加的情况，症状类似输卵管妊娠破裂，但无腹腔内出血。
