与自然怀孕一样，试管婴儿也可能有宫外孕的可能。由于胚胎被放入宫腔内，后期胚胎可能会在宫腔内游动，胚胎要寻找最合适的位置上床，但由于部分患者，尤其是宫腔环境较差，内膜环境也较差，内膜较薄，即使是一些宫腔粘连，还有腺肌症或子宫肌瘤，胚胎可能也会游出宫腔。
植入子宫的胚胎质量不够好，不能留在子宫内，也容易发生宫外孕。因此只要妊娠被测出，同样要排除宫外孕的可能，定期监测 HCG和孕酮。
在 HCG和孕酮成倍增加不明显的情况下，除了胚胎发育不良，生化妊娠，先兆流产，肌瘤流产外，最重要的是排除宫外孕。因此不管是试管婴儿还是自然受孕，都要及时排除宫外孕发生。假如发现了宫外孕就不能再留了，一定要及时进行药流等方式来解决，否则对于女性再怀孕和生命的恢复都容易产生危险。
