囊胚培养具有筛选胚胎的作用，经过较长时间的培养后，形成囊胚的胚胎，非整倍体的比例明显低于第3天的胚胎。另外，由于胚胎与子宫内膜的同步性更好，也利于提高妊娠率。对于一名妇女经过IVF治疗得到一批胚胎，进行囊胚培养液可以筛选出发育潜能最好的一部分胚胎，从而使妊娠率保持在一定水平的基础上，减少移植和冷冻胚胎的数量，减少多胎的发生，并降低治疗的费用。
(一)更符合生理状态
在生理状态下，融合前的胚胎在输卵管中发育，融合后的胚胎在宫腔中发育至着床，而输卵管与子宫的环境有很大的差别, 虽然人类子宫可以支持配子、原核期及卵裂期胚胎的发育，但自然正常情况下胚胎不可能在第4天以前到达子宫，所以，融合前将人类胚胎移植入子宫将使其面临与正常情况下不同浓度的碳水化合物和氨基酸，胚胎必须调整自己以适应环境，这必将降低胚胎的活力。目前的研究表明，在胚胎融合前移植入子宫获得的妊娠率不如移植囊胚高。同时，能够降低P值、极度黄素化的内膜状态、PH值等对卵裂期胚胎的影响。
(二)有利于胚胎发育潜力的评估与移植胚胎的选择
控制性超促排卵导致在一个IVF周期中能得到数个胚胎，在进行胚胎移植前，无论是原核期、卵裂期还是囊胚期胚胎，都要根据一定的标准对胚胎进行选择。要在其中找出最有发育潜能的胚胎进行移植以提高种植率及妊娠的成功率. 因为8细胞期前的胚胎主要是母源性基因的表达，所以对原核期与卵裂期胚胎的评估更多的被认为是对卵子的评估，因此不可能从中选择出具有最高发育潜能的胚胎。对于早期胚胎发育至关重要的是从母体基因转录到胚胎基因转录的过渡，只有通过母源性/胚胎源性基因的过渡，到达囊胚期才能证实哪些胚胎发育受限或无发育潜能。Day3天的“优质胚胎”，有60%左右发育为囊胚，40%左右不能发育为囊胚，卵裂期的优质胚胎，有60%可能为非整倍体，而发育到囊胚的胚胎，非整倍体的率降为30%左右。
所以，培养5-6天后，可更准确地选择植入能力强的质量最好的胚胎。胚胎融合的意义还在于它表明第一代转移性上皮的产生，在此之后胚胎能够更好地调节其细胞内生理机能，提高了对PH的缓冲能力和对渗透压的适应性，总之，融合后的胚胎能更好地耐受环境。
( 三) 减少胚胎暴露于激素刺激后宫腔环境的时间
经过外源性促性腺激素刺激后的子宫环境与自然状态不同，其对胚胎发育的支持不如自然情况。胚胎与这样的环境接触越长，越需要调整自身以适应环境并继续发育，越需要适应环境，其活力越受影响，而囊胚移植使胚胎与超促排卵后的子宫环境接触时间缩短;4-8细胞期的胚胎移植，是在取卵后的第2天或第3天进行, 但事实上，此时的子宫环境尚未从先前促排卵药的刺激中恢复，且孕激素的作用时间还不够长，不利于胚胎的发育和着床，而在取卵后的第5天或第6天进行胚胎移植，子宫的接受度比较高;子宫腔内温度比输卵管内高，早期胚胎对温度的调节功能较差，而囊胚期的胚胎对温度的调节功能较好，因此在囊胚期时植回子宫，胚胎的存活率较高;而且随黄体期的进展子宫的收缩逐渐减少，减少胚胎被排出的机会，有利于妊娠率的提高，考虑到子宫营养环境和子宫收缩活动减弱，子宫与囊胚有更好的同步性，能提供一个比输卵管更适合的环境。
(四)为植入前遗传学诊断(PGD)提供时间
当需要对6-8细胞胚胎进行活检作遗传学分析时，囊胚培养技术使胚胎可以继续培养而不需要冷冻，并在体外进行更多的筛选。另外，随着荧光免疫技术的发展，PGD的时间将会缩短，最终可以直接从高度发育的囊胚中取出多个细胞进行染色，来检查遗传学异常，从而提高诊断的准确性。
(五)提高种植率及减少多胎妊娠率
在典型的非囊胚移植IVF周期中，通常在第2天或第3天移植。由于不能确定哪个胚胎更有潜力，所以通常需要移植多个胚胎以增加活产率，多胎妊娠发生率较高。囊胚的获得使临床医师在进行移植时有更确定的选择，由于囊胚的适应性与活力更强，也更容易着床，所以移植胚胎数目可以减少，通常只移植1-2个胚胎，可以降低多胎妊娠发生率。且随着对胚胎评价标准的不断完善，胚胎着床率会不断提高，最终使单胚胎移植成为可能。
由于囊胚较第3天胚胎在发育方面更进一步，细胞数目增多而体积减小，所以应该更易于冷冻、保存与解冻。一对夫妇可能进行一次促排卵后即获得当个周期及以后周期移植用囊胚，有利于提高IVF总的成功率(累积妊娠率)
当然，囊胚培养也是有双面性的，也有一定的风险。
(1) 取消移植的比列增加，同时也有可能导致基因甲基化修饰异常风险的增加。
(2) 性别比例的改变(男性比例增加)。有文献支持这个观点，也有部分文献不支持这个观点。
(3) 单卵双胎率增加。单卵双胎导致流产、先天畸形(高达10%)、双胎输血综合征，甚至连体双胎。有动物实验表明，单卵双胎的基因印记异常发生的比列有所增加。
