IVF患者多胎妊娠的产科风险大，双胎妊娠的风险高于单胎20倍：三胎或三胎以上的风险则高400倍。欧洲许多生殖中心常规进行双胚胎移植：即便如此，2001年出生的ⅣF新生儿中仍有24％为双胞胎。多胎妊娠的可能因素有女方年龄、既往IVF史，药物剂量、获卵数量与受精数目、移植与冷冻数目的相关性，而最直接的因素为为胚胎种植率和精胚胎数。
减少多胎妊娠率的最主要措施就是限制植胚胎的数量。虽然减胎术的开展作为—种补救的措施，减少多胎妊娠的发生，但该项技术存在理争议，增大了剩余胎儿的存活风险。部分国家的立法机关已经加强了法律管制，限制了体外受精术中移植胚胎的数量，目前的限制大多是针对＝或三胎以上妊娠，对双胎往往未加限制。
我国相关技术规范已经限制了最高移植胚胎数量，对于年龄小于35岁的妇女已规定首次周期只能移植1～2枚胚胎。IVF移植胚胎的数目在减少，但受医疗、经济及社会因素的制约，移植两枚胚胎仍是常规，因此多胎妊娠的几率还是很高的。
