有人认为之所以会发生宫外孕，是因为输卵管某处有狭窄，精子可以通过，但是胚胎却通过不了，胚胎停留在狭窄处导致了宫外孕的发生。而试管婴儿因为可以直接将胚胎送入子宫腔内，不需要通过输卵管，所以不会发生宫外孕。
殊不知，宫外孕的发生通常有两个原因：其一为输卵管的问题；其二为子宫内膜的问题。
输卵管的问题通常并不表现为某处物理性的狭窄，更得的表现是输卵管变得僵硬、输卵管内膜鞭毛蠕动异常等涉及输卵管功能的改变。而这些改变一般来说都是输卵管的慢性炎症导致的。慢性炎症会同时释放一些炎性因子，这些因子就想鱼饵一样，会吸引宫腔内的胚胎向输卵管病变处移动。
子宫内膜如果有问题，胚胎发现子宫内没有适合落脚（着床）的合适地点，胚胎也会向输卵管处移动，最终导致宫外孕的发生。
所以说，试管婴儿技术本身并不能完全避免宫外孕的发生。但是数据表明，宫外孕的发生率略低于自然怀孕者。
