一、内异症相关疼痛
1、未合并不孕及无附件包块者，首选药物治疗。一线药物包括：非甾体类抗炎药、口服避孕药及高效孕激素。二线药物包括GnRH-α、左炔诺孕酮宫内缓释系统（LNG-IUS）。一线药物治疗无效改二线药物，若依然无效，应考虑手术治疗。所有药物都存在停药后疼痛的高复发率。
2、合并不孕或附件包块者，首选手术治疗。
手术指征（1）卵巢内膜异位囊肿直径大于等于4cm；（2）合并不孕；（3）痛经药物治疗无效。手术以腹腔镜为首选。但手术后症状复发率较高，年复发率高达10%。故手术后应辅助药物治疗并长期管理。可根据病情选择一线或二线药物用于手术后治疗，以减少卵巢子宫内膜异位囊肿和疼痛复发，但停药后症状常会很快再出现。
不建议术前药物治疗。但对病情较重、估计手术困难者，术前可短暂应用GnRH-α3个月，以减少手术难度，提高手术安全性。
二、内异症相关不孕
对内异症合并不孕患者首先按照不孕的诊疗路径进行全面的不孕症检查，排出其他不孕因素。单纯药物治疗对自然妊娠无效。腹腔镜是首选的手术治疗方式。年轻、轻中度者，术后可期待自然妊娠6个月，并给予生育指导；有高危因素者（年龄在35岁以上、不孕年限超过3年，尤其是原发性不孕者；重度内异症、盆腔粘连、病灶切除不彻底者；输卵管不通者），应积极行辅助生育技术助孕。
三、内异症恶变 国内外文献报道内异症恶变的发生率在1%左右，主要与卵巢型内异症相关。但由于癌组织可能破坏原发的内异症病灶、病理取材不充分或病理报告不完全都可能导致诊断遗漏，故内异症恶变的准确发生率可能被低估。内异症恶变的主要组织类型为透明细胞癌和子宫内膜样癌，其发生机制尚未明确。
内异症主要恶变部位在卵巢，其他部位少见。临床有以下情况应警惕内异症恶变：
1、绝经后内异症患者，疼痛节律改变；
2、卵巢囊肿直径大于等于10cm；
3、影像学检查有恶性征象；
4、血清CA125大于200U/ml。
治疗应遵循卵巢癌的治疗原则，预后一般比非内异症恶变的卵巢癌好。
