子宫内膜异位症治疗的根本目的是缩减和去除病灶，减轻和控制疼痛，治疗和促进生育，预防和减少复发。治疗应根据患者年龄、症状、病变部位和范围以及对生育的要求等加以选择强调治疗个体化。目前认为腹腔镜确诊、手术+药物为内异症的“金标准”治疗。
一、内异症相关疼痛
1、未合并不孕及无附件包块者：
首选药物治疗。一线药物包括：非甾体类抗炎药、口服避孕药及高效孕激素。
二线药物包括：GnRH-a、左炔诺孕酮宫内缓释系统（LNG-IUS）。一线药物治疗无效改二线药物，若依然无效，应考虑手术治疗。手术包括保留生育功能手术、保留卵巢功能手术和根治性手术（适用45岁以上重症患者。术后不用雌激素补充治疗者，几乎不复发）。所有药物治疗都存在停药后疼痛的高复发率。2、合并不孕或附件包块者：
首选手术治疗。手术指征为卵巢子宫内膜异位囊肿直径大于等于4cm；合并不孕；痛经药物治疗无效。手术首选腹腔镜。但手术后症状复发率较高，年复发率高达10%。故手术后应辅助药物治疗并长期管理。可根据病情选择一线或二线药物用于术后治疗，以减少卵巢子宫内膜异位囊肿和疼痛复发，但停药后症状会很快再出现。不建议术前药物治疗。但对病变较重、估计手术困难者，术前可短暂应用GnRH-α3个月，以减少手术难度，提高手术安全性。
二、内异症相关不孕：全面检查排除其他原因不孕后，单纯药物治疗对自然妊娠无效。腹腔镜是首选的手术治疗方式。年轻、轻中度者，术后可期待自然妊娠6个月，并给予生育指导；有高危因素者（年龄在35岁以上、不孕年限超过3年，尤其是原发性不孕者；重度内异症、盆腔粘连、病灶切除不彻底者；输卵管不通者），应积极行辅助生殖技术助孕。
三、内异症恶变：主要恶变部位在卵巢，其他部位少见。应警惕内异症恶变情况：1、绝经后内异症患者疼痛节律改变2、卵巢囊肿直径大于10cm3、影像学检查有恶性征象4、血清CA125水平大于200U/ml。治疗应循卵巢癌的治疗原则，预后一般比非内异症恶变的卵巢癌好。 内异症预防要在防止经血逆流、口服避孕药物的使用及防止医源性异位内膜种植等方面多加重视。
