子宫内膜异位症的治疗通常强调个体差异。轻度患者可定期随访，无需特殊治疗。如果有痛经，可以用一些前列腺素抑制剂缓解痛经疼痛。但对有生育要求的病人，一般不提倡慢慢来，而是尽量建议早孕。其余大多数病人常用的治疗方法分为药物治疗和手术治疗两种。
药物治疗：药物治疗的原则是一般用来减少或抑制体内激素水平的周期性上升，如口服某些避孕药，人工合成的有效孕激素，促性腺激素释放激素等。但当药物治疗效果不理想，局部症状加重时，如卵巢巧克力囊肿增大或长期不孕，可考虑手术治疗，一般选择微创腹腔镜手术。
因为腹腔镜手术创伤小，恢复快，同时术中可对疾病的分期进行生育指数评分，因此，对于有生育要求的妇女，手术后的指导非常有价值。由于此病的手术只能将肉眼所见的病灶进行清除，但有些极小的病灶，由于手术后很容易复发，因此，多半是半年至一年之后。
深圳武警医院生殖科邢琪主任建议，所以，对于有生育需求的子宫内膜异位症的患者，推荐手术后尽可能早点到正规生殖专科检查指导生育，以免错过最佳怀孕的的时间。对于那些程度较为严重的患者，可以在手术前先使用药物干预，将病灶缩小后再手术，这样安全性会更高。子宫内膜异位症属于试管婴儿的指征，患有此病的患者可以通过试管婴儿成功怀孕。
