ICSI技术开辟了男性不育治疗的新纪元，但由于ICSI是把在自然情况下很难受精的精子直接注入卵细胞中，在对卵子造成一定损伤的同时，逃避了自然选择的精子也有可能将遗传传给下一代，而且ICSI在临床应用之前，缺乏足够的动物实验和临床资料验证器安全性，因此目前对ICSI治疗安全性的研究主要集中在以下两方面。
1 ICSI对卵子的损害 ICSI在将精子或精细胞注入卵浆内的过程中可能损害卵子中纺锤体连接的微丝系统。而微丝系统的损害不仅可能影响染色体分离，导致单体或者三体性胚胎的形成，也有可能改变纺锤体的方向，使染色体全部移向卵子形成三核或全部移向第二极体，另外，当纺锤体移至卵子中心时可能会引起立即分裂，使卵子分裂成同样大小的两个细胞而不形成小的第二极体和大的卵细胞。此外，如前文所述，行ICSI时可能将PVP注入卵子，从而造成卵子的损害。
2 ICSI的遗传风险 用于ICSI的精子可能将基因缺陷传给下一代。
3 ISCI过程中可能会将一些杂质带入卵子中，造成胚胎的污染，也有研究者选用不同的智力测试量表对ICSI小儿的精神、精神运动、家庭社会活动适用性等进行检查，发现和自然受孕小儿发育相似。
综上所述，尽管ICSI治疗为无数不育夫妻带来了希望，单我们必须清醒的妊娠到ICSI所存在的各种风险，所以，在ICSI之前必须进行染色体检查和遗传咨询，种植前诊断和产前检查也可避免严重畸形胎儿的出生，总之在做好充足准备工作的同时，严格掌握适应证，才能让ICSI更好的发挥其作用。
