小的子宫内膜异位囊肿，如果没有症状也没有不明原因的不孕是可以观察随访的，随访包括定期的妇科检查、超声检查、血清肿瘤标记物测定；如果计划怀孕的同时发现有小的内膜异位囊肿可以先不手术，因为如果怀孕了,子宫内膜异位囊肿通常会缩小，妊娠后产生的激素变化对它正好产生生理性的治疗；对于青春期的女孩子如果发现子宫内膜异位囊肿一定要来医院除外合并生殖器畸形的问题再决定如何治疗。有些子宫内膜异位囊肿虽然体积不大却伴随严重的痛经、性交痛、经期排便痛等症状， 这些患者可能合并深部的子宫内膜异位症病灶，这些病灶通常在超声检查时无法发现，需要经有经验的医生进行妇科检查、或通过一些像核磁共振这样的特殊检查才能发现诊断，对于这类患者，可能就需要手术了。通常情况下，直径在5cm以上的子宫内膜异位囊肿是需要手术治疗的，因为这类囊肿不会消失不会自愈，还常常随时间进展，有些还会发生破裂出现急腹症。子宫内膜异位囊肿的生长方式和一般的卵巢囊肿不一样，是呈粘连性浸润性生长的，类似树根那样扎在盆腔里也就是我们医生说的良性病恶性行为，有些囊肿如果不及时手术还有可能侵犯一些重要的脏器如膀胱、肠管、输尿管，不仅会出现相关的伴随症状，还由于严重的盆腔粘连使得以后手术风险大大增加。对于年轻女性来讲，子宫内膜异位囊肿的持续存在还有可能降低卵巢储备从而影响卵巢功能。另外，对于生长迅速，肿瘤标记物很高的子宫内膜异位囊肿即使没有症状也要积极手术治疗，因为要警惕>子宫内膜异位症的恶变。一些特殊部位的子宫内膜异位症如生长在腹壁剖宫产切口、会阴切口的内膜异位症也是要积极手术治疗的。
