男性不育症不是一种独立的疾病，是一个临床综合症。男性不育的原因既可是单一的，也可是多种因素致病的结果，诊治有相当的复杂性。因此查明男性不育的原因对诊断与治疗至关重要。
睾丸性男性不育的原因
睾丸性男性不育的原因主要有三种情况：
1) 隐睾，单侧隐睾所致不育约为30%～60%，双侧为50%～100%。不仅导致不孕，还可诱发恶变。
2) 胎儿期因不利的环境因素损伤了胚原基。早期睾丸损伤，可因分娩过程中产伤引起。
3) 睾丸后天损伤：如疝气修补术、鞘膜积液手术、睾丸固定手术等损伤了睾丸血管，阻碍血供而使睾丸萎缩。
梗阻性男性不育的原因
梗阻性男性不育主要是指精子运送受阻。附睾及输精管结核可使输精管阻塞，阻碍精子通过，阳痿、早泄等性功能障碍都不能使精子进入女性阴道。 生殖器官感染：细菌、病毒、原虫等感染，导致的精子排不出。可另外就是精索静脉曲张所致不育：精索静脉曲张可以影响睾丸生精功能从而导致不育，约占男性不育的 30%～40%。
泌尿生殖系外男性不育的原因
1.内分泌疾病：各种内分泌疾病是人类的多发病，也是产生器质性性功能障碍十分常见的原因，生殖腺功能低下，甲状腺功能低下或亢进，肾上腺皮质疾病，垂体疾病都可导致性欲减退。
2.遗传因素：如性染色体异常的Klinefelter综合征、男性Turner综合征等
3.环境的影响。当今经济高速发展的直接负面影响是造成人类生活环境污染已经成为增加发病的男性不育。
4.生活习惯。避免不良生活习惯如长穿紧身牛仔裤、过量烟酒、频繁的桑拿浴，洁身自好、不感染性病等。
5.精神心理因素。工作与生活的压力也是增加男性不育发病的一个重要原因。
