自然周期方案作为试管婴儿较为少用的一种方案，主要针对那些年纪较轻，输卵管因素不孕、内分泌正常的患者，那么自然周期方法具有哪些优点呢？
第一 自然周期简单方便、经济：由于自然周期IVF不使用促性腺激素释放激素激动剂、促性腺激素等药物，因而避免了超排卵周期高昂的药费。
第二多胎发生率几乎为零：在COH中，OHSS发生率在10%左右，双胎发生率增加了20倍，三胎以及三胎以上的发生率增加400倍，以及由多胎引起的胎儿早产、新生儿死亡率也相应增加。而在自然周期IVF中多胎率可认为是零。
第三内膜容受性好，目前的研究认为，外源性技术的应用使得内膜上的受体以及相关因子的表达有异于自然周期，改变了子宫内膜的种植窗期，致使胚泡种植率降低，在Check等的回顾性研究中，将一组患者一半的卵子赠送给受者、供者同时移植，受者的种植率为39%，供者的种植率为22.5%，两者的冷冻周期种植率并无差别，认为超排卵对子宫内膜的容受性产生了负面影响。从而显示自然周期的子宫内膜对胚胎的容受性可能优于促排卵周期的内膜。
第四应用于卵巢反应不良的患者：Felaman等对22例患者进行了44个自然IVF周期，18例患者至少获得了一个卵子，9例患者有胚胎移植，2例患者获得了活婴分娩。
因此，对于卵巢反应不良的患者，自然周期IVF则是个相对有效的解决途径。
