胚胎移植过程细节操作较多。根据已知宫腔的深度将外套管按宫颈、宫腔走向及弯曲度进行调整，然后缓慢将外套管放入子宫内，注意避免子宫颈管及宫腔内膜的损伤。移植过程中子宫内膜受创伤而出血可明显影响胚胎移植的效果。外套管顶端则设置于既能保证其通过子宫内口，又距内芯顶端至少1～15Cm的位置。
轻柔和无创的胚胎移植技术是使妊娠机会最大化所必需的。移植过程中的困难包括通过宫颈困难，必须应用宫颈钳夹持宫颈，移植后有出血。移植困难的程度可以作为预测妊娠的一个独立因素。相反的观点来自应用带有可延展性套管的移植管，移植后移植管上有血污并不影响着床率或临床妊娠率。 困难移植对妊娠率和着床率的影响与其对宫颈和膜的创伤有关。困难移植伴随着更多的宫颈和内膜创伤以及移植管上有血污。也有与之相反的观点，MURRAY等应用宫腔镜检查发现移植的感知困难晒桶糖与膜损伤的数量之间没有明显的相关性。妊娠率和着床率的降低与困难移植的相关性仍需要许多探索实际上，没有文献报道在移植前内膜已经被胚胎移植管刮伤后还能获得一个更多的妊娠率。
