男性不孕症似乎不像想象中的单纯，精液分析数量、活动力外型都符合标准仍无法完全排除男性不孕的可能。近二十年的研究发现精虫染色体是否完美无瑕，也可能影响生育能力。
精虫染色体会受到环境氧化物、自我凋亡及不完全的成熟作用的影响，染色体易有碎裂、不完整的状况发生，据统计精液检查不及格的患者，其精虫染色体碎裂或损伤的机率愈高。
加拿大的Eini医师，选择近2000位不孕症夫妻做研究对象，结果发现其中11%患者精虫染色体高度损伤，似乎和先生年龄及精虫活动力不足有关。再者，即使精液分析都正常的情形下，仍有5%患者精虫有严重的染色体损伤。
过去Moskovtsev团队也发现过年龄超过45岁的男性，精虫染色体碎裂的比率约为年轻男性(小于30岁)的两倍。Singh等人的研究也有类似的发现。年龄老化、精虫染色体质量逐年递减，虽然精液分析看不出异常，但这类病患在做人工授精时，有比较低的成功率，甚至影响试管婴儿精卵受精率及胚胎质量，造成怀孕机率下降。虽说这类病患在做试管婴儿单一精虫显微注射时不会影响怀孕率，不过一旦怀孕，会发现精虫染色体损伤者，其流产风险明显增加。
目前不孕症中心仍以精液分析搭配抗精虫抗体检查为主流，可惜它只能评估一般男性的生殖及受孕能力(包括睪丸、副睪丸功能及输精管通透性)，但仍有5%甚至更多患者因精虫染色体损伤导致不孕，没被检查出来，因此未来应思索除了一般精液分析外，加做精虫染色体检查的临床可行性。
