1、遗传因素（特殊类型畸精症）
圆头精子症，特征性表现：特征是精子头部小而圆，顶体缺如。发病率：圆头精子症非常少见，小于千分之一。导致不育的原因主要是缺乏顶体，无法和卵子结合，导致受孕失败。圆头精子症行ICSI治疗，其成功率也很低。通常采用供精治疗。
其他还有针尖头精子症，大头多尾精子症，短尾精子症，目前均认为是遗传因素导致，上述患者通常需供精治疗。
2、不明原因
目前大多数畸精症原因尚不明确。畸形率过高会引起自然妊娠率下降，也会引起IVF受精率下降和成功率下降。除了上述特殊类型畸精症，其它一些畸精症（畸形率超过96%），通常多为精子顶过小或者头部大小形态问题，对ICSI影响则不明确。
3、环境及烟酒因素
引起男性不育症的风险因素还有某些环境因素，工作因素，生活习惯等，可能会影响精子生成。比如有一些研究发现，洗澡时由于睾丸暴露在温度逐渐升高的环境中，或长时间驾驶都可能暂时影响精子生成。长时间接触重金属，如铅、镉、汞；或其他物质如杀虫剂、除草剂、二硫化碳也可降低生育能力。长期酗酒会影响精子生成和降低性功能。中度吸烟影响精子质量，过量抽烟可以加重原来的生殖疾病，或者加重其他环境因素对精子生成的影响。
