目前医学上对子宫内膜异位症的具体病因和发病机制尚不十分清楚，但常见的有几种经典学说和理论。有一种学说被推崇为异位种植学说，也就是人们常说的经血回流学说，在经期，子宫内膜组织通过经血回流，通过输卵管到达盆腔，并在盆腔的各个部位播散，在此基础上粘连、浸润静脉形成，使病变形成，同时子宫内膜也通过静脉和淋巴向远处播散，因而与盆腔环境改变和异位的发生密切相关。
二是体腔上皮生物化学学说：是由于体腔上皮细胞，如卵巢表皮细胞或盆腔腹膜细胞，在经血性慢性炎症不断刺激下，逐渐转化成子宫内膜样组织，从而引起病变；
三是诱导论：对第二种理论的延伸。一般指在体内某些生化因素的作用下，未分化的腹膜组织向内膜组织转化，从而形成病变。
另一种是遗传理论，因为研究发现，这种疾病具有家族聚集性，当患者的一级亲属患有这种疾病时，女性的发病率比一般人高7~10倍，同时，某些异常的免疫调节和免疫表达也会导致子宫内膜异位症的发生。
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