药物对胎儿的作用很大程度上取决于暴露于药物时的胎龄，药物的效能，和药物剂量。药物对不同时期胚胎及胎儿的影响是不一样的：
1.受精后20天内：这时候药物作用通常是全或无的效应，杀死胚胎或者完全不影响。这个阶段一般无致畸作用。
2.器官形成过程中（受精后20到56天）：致畸作用最可能发生在这个阶段。药物在这个阶段作用于胚胎可能导致流产，尚不致死的大的解剖学缺陷（真正的致畸效应），或者隐性胚胎病（一种出生后表现出的永久的轻度代谢或者功能缺陷），或者药物并没有可检测的不良作用。
3.器官形成以后（孕中晚期）：不会有致畸作用发生，但药物可能影响已发育正常的胎儿器官和组织的生长和功能。由于胎盘代谢增加，发生胎儿毒性需要更高的药物剂量。
尽管药物安全性问题受到了广泛关注，但药物暴露引起的胎儿先天畸形仅占所有畸形的2到3％；大多数胎儿畸形由基因、环境因素、或不明原因所致。
